এ মাদরাসায় ইবতেদায়ী (প্রথমিক) স্তর থেকে কামিল (স্নাতকোত্তর) স্তর পর্যন্ত পাঠদানের ক্ষেত্রে নিম্নোক্ত পাঠ্যক্রম অনুসারে করা হয়:
ইসলামী আরবি বিশ্ববিদ্যালয়, ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়-কুষ্টিয়া, বাংলাদেশ মাদরাসা শিক্ষাবোর্ড এবং মদীনাতুল উলূম মডেল ইনঃ মহিলা কামিল মাদরাসা নিজস্ব সিলেবাস অনুযায়ী এর পাঠ্যক্রম চালু রয়েছে। ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় ও বাংলাদেশ মাদরাসা শিক্ষা বোর্ড অনুমোদিত সিলেবাসসহ আরবী ও ইংরেজি ভাষায় দক্ষতা বৃদ্ধির লক্ষ্যে বিশেষ গুরুত্ব দেয়া হয় এ জন্যে আরবী ও ইংরেজি বিষয়ে নিজেদের রচিত পুস্তক অতিরিক্ত পড়ানো হয়। বিশুদ্ধ কুরআন তেলাওয়াতের জন্য তা’লীমুল কুরআন বিভাগের অধীনে নূরানী পদ্ধতিতে কুরআন শিক্ষার বিশেষ ব্যবস্থা রয়েছে। দাখিল ও আলিম শ্রেণীতে কম্পিউটার বিভাগ, ফাযিল শ্রেণীতে পাস ও অনার্স কোর্স কামিল শ্রেণীতে হাদীস বিভাগ চালু রয়েছে। ব্যবহারিক জীবনে ইসলামী অনুশাসন পালনের জন্যে সহজ ফিকহ ও সাধারণ জ্ঞানের পুস্তক নির্ধারিত পাঠ্য তালিকার অন্তর্ভুক্ত।
